Od 2017 r. polskie przepisy o podatkach lokalnych (art. 7 ust. 1 pkt 1 UPOL) przewidują zwolnienie od podatku od nieruchomości dla infrastruktury kolejowej udostępnianej przewoźnikom. Zgodnie z ustawą, zwolnione są „grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej” (wykaz elementów infrastruktury – tory, bocznice, urządzenia sieciowe itp. – zawiera załącznik do ustawy o transporcie kolejowym). Ministerstwo Finansów potwierdziło, że od 2017 r. zwolnienie objęło także prywatne bocznice kolejowe wraz z całymi działkami ewidencyjnymi, na których się znajdują. Innymi słowy, każdy właściciel bocznicy połączonej z linią kolejową – który realnie umożliwia korzystanie z niej licencjonowanym przewoźnikom kolejowym – mógł korzystać z tej ulgi. 

Od 2022 r. przepis został jednak znacząco zawężony – zwolnienie dotyczy tylko części nieruchomości faktycznie wykorzystywanych przez zarządcę infrastruktury lub operatora infrastruktury usługowej, a preferencja przeznaczona jest jedynie dla podmiotów prowadzących działalność kolejową. W rezultacie wiele prywatnych bocznic zostało wyłączonych ze zwolnienia, co wywołało liczne pytania interpretacyjne. Dotychczasowy spór dotyczył przede wszystkim lat 2017–2021, kiedy prawo umożliwiało korzystanie z ulgi także całych działek z bocznicami, nawet jeśli ich właściciel nie był operatorem kolejowym.

Zwolnienie z podatku dla bocznic kolejowych nie jest pomocą publiczną

Wojewódzkie sądy administracyjne podzieliły się w ocenie prawa do zwolnienia – jedne uznawały je bez zastrzeżeń, inne wstrzymywały ulgę, obawiając się, że bez zgłoszenia do Komisji Europejskiej może to być nielegalna pomoc publiczna. NSA skierował do TSUE pytania prejudycjalne (sygn. C453/23), kluczowe dla oceny selektywności i wpływu na konkurencję. 

Trybunał Sprawiedliwości UE rozpoznał sprawę 29 kwietnia 2025 r. i – wzorem wcześniejszej opinii Rzecznika Generalnego – uznał, że zwolnienie dla infrastruktury kolejowej nie stanowi niedozwolonej pomocy publicznej. TSUE podkreślił, że jest to ulga w ramach normalnego systemu podatkowego (podatki lokalne nie są harmonizowane unijnie), a sam przepis ma charakter ogólny i przedmiotowy. Na podstawie art. 107 ust. 1 Traktatu o Funkcjonowaniu UE stwierdzono, że „zwolnienie z podatku od nieruchomości… nie przysparza beneficjentom selektywnej korzyści”. Innymi słowy, wszyscy właściciele bocznic łączący się z siecią kolejową mieli formalnie równy dostęp do ulgi, a polski system podatkowy traktuje tę preferencję jako jeden z elementów ogólnego opodatkowania gruntów i budynków. TSUE podkreślił także, że sama możliwość zwolnienia nie zniekształca konkurencji – właściciele nieruchomości bez bocznic i ich właściciele nie konkurują z tymi, którzy posiadają bocznice kolejowe. 

Eksperci wskazują, że wyrok TSUE daje państwom szeroką autonomię w kształtowaniu ulg podatkowych nieharmonizowanych. Z orzeczenia wynika, iż ulga dotyczy „różnych branż” (nie tylko kolejowej, ale także np. wydobywczej czy rafineryjnej – wszyscy mają bocznice), a skoro nie jest „oczywiście dyskryminująca”, nie może być uznana za pomoc państwa. Podsumowując, Trybunał i rzeczniczka generalna potwierdzili, że zwolnienie od podatku od nieruchomości dla bocznic kolejowych jest zgodne z prawem UE. 

Stanowiska organów podatkowych i praktyka 

W praktyce początkowo organy podatkowe stosowały się do przepisów i wyroków sądów przychylnych podatnikom. Dopiero po kilku latach korzystnych orzeczeń sądowych organy zaczęły podnosić w interpretacjach indywidualnych argument o pomocy publicznej. Niektóre gminy uznawały, że ulga nie została notyfikowana KE, więc jej stosowanie grozi „nielegalną pomocą”. Doprowadziło to do sporów i rozbieżnych orzeczeń WSA. Ponieważ utrzymywała się niepewność, NSA zasięgnął zdania TSUE.

Zwolnienie podatkowe dla infrastruktury kolejowej – warunki skorzystania

Aby skorzystać ze zwolnienia, muszą zostać spełnione następujące warunki: 

Przynależność do infrastruktury kolejowej – przedmiotem zwolnienia są nieruchomości (grunt, budynek, budowla) zawierające elementy z listy załącznika UTK (np. tory, bocznice, sieci trakcyjne, budynki stacyjne itp.). Z tego względu sam magazyn czy wóz składowy na bocznicy nie są zwolnione, natomiast sama bocznica i budynek np. dyrekcji bocznicy – tak. 

Związek z przewozem kolejowym – infrastruktura musi być udostępniana licencjonowanym przewoźnikom. Prawo traktuje to literalnie: wystarczy faktyczne udostępnienie bocznicy. Nie jest wymagane formalne pozwolenie UTK – liczy się realna możliwość korzystania z bocznicy przez przewoźników. Bezpieczeństwo użytkowania potwierdza autoryzacja/świadectwo bezpieczeństwa wydane przez UTK – w ocenie organu tylko zarządca infrastruktury z takim świadectwem może być beneficjentem zwolnienia. 

Status właściciela – w obecnym stanie prawnym (po 2021 r.) zwolnienie przewidziano tylko dla podmiotów wykonujących działalność kolejową (np. zarządcy linii kolejowych lub operatorów bocznic). W latach 2017–2021 takiego ograniczenia nie było – liczył się sam fakt udostępnienia bocznicy. Ważne: zwolniona może być cała działka ewidencyjna z bocznicą, co potwierdziły sądy i MF (usunięto wymóg „części gruntu” z 2017 r.). 

Z powyższego wynika, że typowy właściciel zakładowej bocznicy (która łączy się z siecią kolejową i jest używana przez przewoźników) spełnia warunki do ulgi – pod warunkiem że odpowiada wymogom formalnym zarządcy/infrastruktury i faktycznie obsługuje ruch kolejowy. 

Zwrot nadpłaconego podatku za bocznice kolejowe – skutki wyroku TSUE dla podatników 

Wyrok TSUE oznacza, że właściciele bocznic korzystający ze zwolnienia w latach 2017–2021 mogą domagać się zwrotu nadpłaconego podatku. Po publikacji wyroku podatnicy do 3 miesięcy mogą żądać wznowienia zakończonych postępowań sądowych (jeśli wcześniej przegrali w sądzie) lub w ciągu miesiąca żądać wznowienia postępowania podatkowego. Osoby, które płaciły podatek zamiast stosować zwolnienie, mogą korygować deklaracje za nieprzedawnione lata (np. 2020–2021) i odzyskać nadpłatę. 

Dla budżetów gmin oznacza to konieczność ponownego rozpatrzenia spraw podatników i – w wielu przypadkach – zwrócenia środków. Samorządy nie mogą już odmówić stosowania ulgi. W praktyce organy podatkowe wznawiają postępowania i – jeśli beneficjent spełnił wymogi – powinny formalnie stwierdzić nadpłatę lub umorzyć dotąd kwestionowane zobowiązanie. Warto, aby właściciele bocznic przygotowali dokumentację potwierdzającą udostępnianie torów i (jeśli wymagane) status zarządcy. 

Podsumowując: zwolnienie z podatku od nieruchomości na rzecz bocznic kolejowych nie stanowi nielegalnej pomocy publicznej. TSUE potwierdził, że ulga jest elementem normalnego systemu podatkowego i nie daje beneficjentom selektywnej przewagi. Oznacza to bezpieczeństwo podatkowe dla przedsiębiorstw kolejowych i mniejszych zakładów posiadających bocznice.

Prywatna infrastruktura kolejowa – obowiązki właściciela przy ubieganiu się o ulgę 

Właściciel prywatnej infrastruktury kolejowej, który zamierza skorzystać ze zwolnienia z podatku od nieruchomości, powinien spełniać określone obowiązki dowodowe i formalne. Kluczowe znaczenie ma wykazanie, że dana nieruchomość – grunt, budowla lub budynek – rzeczywiście stanowi element infrastruktury kolejowej w rozumieniu ustawy o transporcie kolejowym. Oznacza to m.in. połączenie z siecią kolejową, udostępnianie przewoźnikom oraz wykorzystywanie obiektu zgodnie z jego przeznaczeniem kolejowym. 

Co musi przygotować podatnik: dokumentacja, świadectwo UTK, udostępnienie torów 

Podatnik, ubiegający się o zwolnienie, powinien dysponować dokumentacją potwierdzającą: 

• fizyczne połączenie z linią kolejową (np. wypis i wyrys z ewidencji gruntów, mapa zasadnicza), 

• udostępnianie infrastruktury przewoźnikom kolejowym (np. umowy, harmonogramy ruchu, potwierdzenia przejazdów), 

• status zarządcy infrastruktury – potwierdzony m.in. przez świadectwo bezpieczeństwa wydane przez Prezesa UTK, 

• w razie potrzeby: potwierdzenie nadania numeru bocznicy, decyzje administracyjne, zaświadczenia techniczne. 

Brak formalnej decyzji UTK nie wyklucza prawa do zwolnienia, o ile możliwe jest wykazanie realnego korzystania przez przewoźników – zgodnie z interpretacją przepisów i orzecznictwem. 

Instrukcja krok po kroku: terminy, podstawy prawne, do jakiego urzędu, co załączyć 

Jak złożyć wniosek o wznowienie postępowania lub korektę deklaracji podatkowej? 

Podatnik, który opłacał podatek od nieruchomości za infrastrukturę kolejową w latach 2017–2021 i nie korzystał ze zwolnienia, ma obecnie możliwość wznowienia postępowania lub skorygowania złożonej deklaracji podatkowej. Możliwość ta wynika bezpośrednio z wyroku TSUE z 29 kwietnia 2025 r., który wykluczył kwalifikację zwolnienia jako pomocy publicznej, co usuwa główną przeszkodę w uzyskaniu ulgi. 

1. Wznowienie postępowania podatkowego lub sądowego: 
– podstawa prawna: art. 240 §1 pkt 11 Ordynacji podatkowej (wznowienie po wyroku TSUE), 
– termin: 1 miesiąc od publikacji wyroku w Dzienniku Urzędowym UE, 
– właściwość: urząd gminy (wójt/burmistrz/prezydent miasta), który wydał decyzję podatkową, 
– załączniki: wyrok TSUE, dokumentacja infrastruktury, pierwotna decyzja lub rozstrzygnięcie. 

2. Korekta deklaracji podatkowej: 
– dotyczy lat nieprzedawnionych (np. 2020–2021), 
– składa się deklarację korygującą na właściwym formularzu wraz z uzasadnieniem, 
– urząd powinien wydać postanowienie o nadpłacie i zwrócić kwotę wraz z odsetkami. 

Infrastruktura punktowa w transporcie kolejowym – czy też podlega zwolnieniu? 

Tak – ale tylko pod określonymi warunkami. Infrastruktura punktowa może korzystać ze zwolnienia, jeśli spełnia warunki określone w ustawie. Termin ten odnosi się do obiektów nieruchomych stanowiących zaplecze techniczne i operacyjne transportu kolejowego, takich jak: stacje rozrządowe, terminale intermodalne, punkty załadunku i rozładunku, magazyny przytorowe, zakładowe bocznice. Ich kluczową cechą jest zlokalizowanie w jednym miejscu i funkcja wspierająca ruch kolejowy. 
Zwolnienie może obejmować zarówno sam grunt, jak i budynki lub budowle, o ile są one faktycznie wykorzystywane w procesie obsługi przewozów kolejowych i udostępniane przewoźnikom. 

Czy właściciel prywatnej bocznicy kolejowej może odzyskać podatek od nieruchomości? 

Tak. Zgodnie z aktualnym stanowiskiem TSUE oraz wcześniejszymi interpretacjami MF, właściciele prywatnych bocznic kolejowych, którzy spełnili warunki formalne (lub mogą je udowodnić), mają prawo do odzyskania nadpłaconego podatku od nieruchomości. Dotyczy to w szczególności okresu 2017–2021, gdy obowiązywała szersza interpretacja przepisów. Warunkiem jest złożenie wniosku lub korekty deklaracji w odpowiednim terminie oraz przedstawienie dokumentacji potwierdzającej infrastrukturę i jej użytek kolejowy. W takich przypadkach gmina ma obowiązek uznać zwolnienie i zwrócić nienależnie pobrany podatek.  

Jak nowy właściciel może uzyskać pozwolenie na budowę bocznicy i skorzystać ze zwolnienia z podatku? 

Podmiot, który planuje wybudowanie własnej bocznicy kolejowej i chce w przyszłości korzystać ze zwolnienia z podatku od nieruchomości, musi przejść określoną procedurę administracyjną. W pierwszej kolejności konieczne jest uzyskanie decyzji o ustaleniu lokalizacji linii kolejowej (zgodnie z ustawą o transporcie kolejowym) oraz pozwolenia na budowę wydawanego przez właściwego starostę lub wojewodę. Następnie wymagane jest zgłoszenie obiektu do Urzędu Transportu Kolejowego oraz uzyskanie świadectwa bezpieczeństwa – jeśli podmiot zamierza samodzielnie zarządzać infrastrukturą. 

Aby skorzystać ze zwolnienia podatkowego, nowa bocznica musi być: 

• fizycznie połączona z siecią kolejową, 

• faktycznie udostępniana licencjonowanym przewoźnikom kolejowym, 

• ujęta w dokumentacji ewidencyjnej jako infrastruktura kolejowa. 

Jak uzyskać zwolnienie z podatku od nieruchomości za prywatną bocznicę kolejową? 

Aby uzyskać zwolnienie z podatku od nieruchomości za prywatną bocznicę kolejową, właściciel musi wykazać, że obiekt stanowi element infrastruktury kolejowej w rozumieniu ustawy o transporcie kolejowym. Kluczowe znaczenie ma połączenie z siecią kolejową oraz faktyczne udostępnianie bocznicy licencjonowanym przewoźnikom kolejowym. Nie jest wymagane posiadanie koncesji ani prowadzenie działalności transportowej – wystarczy realne umożliwienie korzystania z infrastruktury. W przypadku spełnienia warunków podatnik może skorzystać z ulgi na bieżąco albo – w odniesieniu do lat poprzednich – złożyć korektę deklaracji lub wniosek o wznowienie postępowania. Pomoc kancelarii prawnej pozwala uniknąć błędów formalnych i zwiększa szansę na pozytywne rozstrzygnięcie sprawy.