Zwrot podatku dla bocznic kolejowych – wyrok TSUE otwiera drogę do zwrotu podatku od nieruchomości

Od 2017 r. polskie przepisy o podatkach lokalnych (art. 7 ust. 1 pkt 1 UPOL) przewidują zwolnienie od podatku od nieruchomości dla infrastruktury kolejowej udostępnianej przewoźnikom. Zgodnie z ustawą, zwolnione są „grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej” (wykaz elementów infrastruktury – tory, bocznice, urządzenia sieciowe itp. – zawiera załącznik do ustawy o transporcie kolejowym). Ministerstwo Finansów potwierdziło, że od 2017 r. zwolnienie objęło także prywatne bocznice kolejowe wraz z całymi działkami ewidencyjnymi, na których się znajdują. Innymi słowy, każdy właściciel bocznicy połączonej z linią kolejową – który realnie umożliwia korzystanie z niej licencjonowanym przewoźnikom kolejowym – mógł korzystać z tej ulgi. 

Od 2022 r. przepis został jednak znacząco zawężony – zwolnienie dotyczy tylko części nieruchomości faktycznie wykorzystywanych przez zarządcę infrastruktury lub operatora infrastruktury usługowej, a preferencja przeznaczona jest jedynie dla podmiotów prowadzących działalność kolejową. W rezultacie wiele prywatnych bocznic zostało wyłączonych ze zwolnienia, co wywołało liczne pytania interpretacyjne. Dotychczasowy spór dotyczył przede wszystkim lat 2017–2021, kiedy prawo umożliwiało korzystanie z ulgi także całych działek z bocznicami, nawet jeśli ich właściciel nie był operatorem kolejowym.

Zwolnienie z podatku dla bocznic kolejowych nie jest pomocą publiczną

Wojewódzkie sądy administracyjne podzieliły się w ocenie prawa do zwolnienia – jedne uznawały je bez zastrzeżeń, inne wstrzymywały ulgę, obawiając się, że bez zgłoszenia do Komisji Europejskiej może to być nielegalna pomoc publiczna. NSA skierował do TSUE pytania prejudycjalne (sygn. C453/23), kluczowe dla oceny selektywności i wpływu na konkurencję. 

Trybunał Sprawiedliwości UE rozpoznał sprawę 29 kwietnia 2025 r. i – wzorem wcześniejszej opinii Rzecznika Generalnego – uznał, że zwolnienie dla infrastruktury kolejowej nie stanowi niedozwolonej pomocy publicznej. TSUE podkreślił, że jest to ulga w ramach normalnego systemu podatkowego (podatki lokalne nie są harmonizowane unijnie), a sam przepis ma charakter ogólny i przedmiotowy. Na podstawie art. 107 ust. 1 Traktatu o Funkcjonowaniu UE stwierdzono, że „zwolnienie z podatku od nieruchomości… nie przysparza beneficjentom selektywnej korzyści”. Innymi słowy, wszyscy właściciele bocznic łączący się z siecią kolejową mieli formalnie równy dostęp do ulgi, a polski system podatkowy traktuje tę preferencję jako jeden z elementów ogólnego opodatkowania gruntów i budynków. TSUE podkreślił także, że sama możliwość zwolnienia nie zniekształca konkurencji – właściciele nieruchomości bez bocznic i ich właściciele nie konkurują z tymi, którzy posiadają bocznice kolejowe. 

Eksperci wskazują, że wyrok TSUE daje państwom szeroką autonomię w kształtowaniu ulg podatkowych nieharmonizowanych. Z orzeczenia wynika, iż ulga dotyczy „różnych branż” (nie tylko kolejowej, ale także np. wydobywczej czy rafineryjnej – wszyscy mają bocznice), a skoro nie jest „oczywiście dyskryminująca”, nie może być uznana za pomoc państwa. Podsumowując, Trybunał i rzeczniczka generalna potwierdzili, że zwolnienie od podatku od nieruchomości dla bocznic kolejowych jest zgodne z prawem UE. 

Stanowiska organów podatkowych i praktyka 

W praktyce początkowo organy podatkowe stosowały się do przepisów i wyroków sądów przychylnych podatnikom. Dopiero po kilku latach korzystnych orzeczeń sądowych organy zaczęły podnosić w interpretacjach indywidualnych argument o pomocy publicznej. Niektóre gminy uznawały, że ulga nie została notyfikowana KE, więc jej stosowanie grozi „nielegalną pomocą”. Doprowadziło to do sporów i rozbieżnych orzeczeń WSA. Ponieważ utrzymywała się niepewność, NSA zasięgnął zdania TSUE.

Zwolnienie podatkowe dla infrastruktury kolejowej – warunki skorzystania

Aby skorzystać ze zwolnienia, muszą zostać spełnione następujące warunki: 

Przynależność do infrastruktury kolejowej – przedmiotem zwolnienia są nieruchomości (grunt, budynek, budowla) zawierające elementy z listy załącznika UTK (np. tory, bocznice, sieci trakcyjne, budynki stacyjne itp.). Z tego względu sam magazyn czy wóz składowy na bocznicy nie są zwolnione, natomiast sama bocznica i budynek np. dyrekcji bocznicy – tak. 

Autor

Filip Kaplita

Radca prawny

Radca Prawny w Kancelarii Prawnej GJW. Zajmuje się bieżącą obsługą prawną i podatkową podmiotów gospodarczych. W kręgu jego zainteresowań pozostają m.in. prawo nieruchomości, prawo cywilne oraz postępowanie podatkowe, administracyjne i sądowo administracyjne. Reprezentuje klientów…

Profil autora Kontakt z autorem